Bei meinem HighSierra Test-Gerät mit APFS wurde die Installation von Clover aus dem System heraus auf die macOS-Partition installiert.
An der Stelle kann der Inhalt dieses Ordners /EFI/CLOVER der macOS-Partition im Nachgang auf die versteckte EFI-Partition kopiert werden, wenn dort der Original CLOVER-Ordner vorher umbenannt wurde.
Dann noch DSDT/SSDT, config.plist, Kexte und APFS.efi aus dem umbenannten Ordner in den neuen CLOVER kopieren.
Zusätzlich noch die /EFI/BOOT/BOOTX64.efi von der macOS-Partition an die entsprechende Position in der versteckten EFI-Partition kopieren und das war es dann...