Ich hatte das USB 3.0-Problem nicht.
Wenn man unter Yosemite (mit Ozmosis) den generellen Treiber für USB 3.0 installiert und dann via Appstore auf El Capitan upgraded, wurden nach dem Upgrade alle USB 3.0 Ports einwandfrei erkannt. Ich habe zwar keine Erklärung warum das so ist, aber bei meinen beiden Boards (siehe Signatur) hat das zweimal einwandfrei ohne Patches funktioniert.