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In wie fern sind die Partitionen nicht mehr vorhanden? Hast du die Platte formatiert? Oder die Partition einfach nur als gelöscht markiert?
Kann ja durchaus sein, dass der Clover die bootbare Partition findet, obwohl sie in der Partitionstabelle nicht mehr drin steht (aber physikalisch schon noch auf der Platte vorhanden ist). Was ja dann eher ein Feature wäre, als ein Bug. 
Würde in dem Falle mal versuchen, die Partition, die du weg haben willst, tatsächlich zu überschreiben.
lg, gidd
Wähle im Clover-Configurator "GUI". Bei "Scan" wählst du "Custom" und" Entries" ("Legacy" Haken raus). Schau mal, ob du mit dem Ergebnis zufrieden bist.
BTW: was zeigt denn das BIOS an? Die ganzen Platten oder auch einzelne Partitionen?
