@derHackfan
Hier hat @griven ja für den T61 auch empfohlen bei El Capitan das in Root zu installieren. Bei Yosemite empfahl er noch die ESP.
Ich glaube dass es Update-Sicher ist, wenn der EFI-Ordner im Root ist. Und praktischer ist es sowieso, weil man schneller ran kommt. Hab aber bei den CPUs bei denen es in Frage kam (CoreDuos) Chameleon verwendet.
EDIT
@erikafuchs
Es gibt das Legacy-Bios und das UEFI-Bios.
Der eigentliche Unterschied, der zum Installieren wichtig ist: Für das Legacy-Bios müssen zusätzlich zum EFI-Ordner noch Dateien mit installiert werden.
Beim UEFI-Bios sollte man den EFI-Ordner in der EFI-Partition installieren.