Bootproblem - MSI X99A-SLI PLUS i7 6800k

Hallo,
also ich habe es mittlerweile geschafft auch mein X99 System mit El Capitan zu versorgen. Das einzige Problem, welches ich habe ist allerdings ziemlich schwerwiegend.

Ich habe El Capitan auf einer Test-HDD von mir mit 500GB Speicher installiert. Diese war zum Zeitpunkt der Installation die einzige angeschlossene Festplatte. Jetzt würde ich allerdings gerne auch die anderen 2 HDDs und 2 SSDs anschließen. Da El Capitan sowieso auf eine der beiden SSDs sollte, habe ich kurzerhand den ganzen Spaß geklont.
Das Problem kommt jetzt: Sobald ich versuche mit mehreren angeschlossenen Platten zu booten, hängt er bei "pci configuration begin" und geht einfach aus. Was habe ich falsch gemacht?

Nochmal die genauen Systemdaten:
i7 6800k
MSI X99A SLI PLUS
32GB DDR4
MSI GTX 970

Ich boote mit npci=0x2000 erfolgreich mit der einzelnen HDD

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Also tatsächlich ist beim Kopieren der EFI Partition irgendwas nicht richtig gelaufen - jetzt läuft das einwandfrei!
Das Thema wäre damit erstmal erledigt, gute Nacht