Mac Pro 2.1 @EL Capitan: HDMI-Ton & andere Wehwehchen .......

Natürlich läuft das Teil auch noch mit Capitan geschmeidig, mit SSD sogar noch besser.

Nein, zwecks HDMIAudio.kext, den verwende ich sogar noch mit meinem Pro3,1 auf aktueller Beta 10.12.5.
Hast Du an SIP-Rechte gedacht, was ab Capitan für unsignierte Kexte beachtet werden muss?
Bootscreen hast Du ja jetzt, also Neustart, ALT-Taste festhalten und in die Recovery booten, dort dann das Terminal starten und...
entweder...
csrutil disable
eingeben (für komplett abschalten) oder...
csrutil enable --without kext
eingeben (für nur unsignierte Kexte)
...dann Neustart ins System, ggf. musst Du noch einmal den Cache neu aufbauen und noch einen Neustart machen, jedoch dann sollte der Kext wieder greifen.

Ich bin nicht sicher, aber ich glaube Du verwechselst da was. Ich kenne dieses CapitanPikeFix nicht, aber ich denke dabei geht´s darum, dass Du generell erst einmal auf reines 64bit System kommst, damit diese neueren OSX-Versionen auf einem alten Pro2,1 überhaupt laufen.
Diese SIP-Geschichte kam ja mit Capitan. Der HDMIAudio.kext kommt ja aus dem Hackintosh-Bereich und ist kein real Apple-Kext und wird somit auch ohne Rechte unter Capitan nicht mehr genommen in S/L/E.
Mach bitte mal im Terminal auf Capitan folgendes:
csrutil status
Wenn da enabled steht dann musst Du aktiv werden wie ich es beschrieben habe.
Du könntest den zusätzlichen Kext auch mal nach L/E legen und versuchen, bin da aber nicht sicher ob SIP da auch greift.
Auf einem Hackintosh regeln wir SIP ja mit dem Clover-Eintrag CsrActiveConfig 0x67 oder auch 0x03, was auf dem echten Mac ohne Clover ja so nicht geht.

Mag sein, denn ich sagte ja, kenne diesen Fix nicht und auch nicht wie und wo da was gemacht wird, jedoch zwecks HDMIAudio.kext und Capitan war ich schon ziemlich sicher woran es scheitert. Mein Pro3,1 braucht Deinen besagten Fix ja nicht, daher mein Unwissen, sorry.
Prima, viel Spass damit und erfolgreiches Schrauben.

gern geschehen, kein Thema, viel Spass damit noch...
Sag Bescheid wenn Du mit dem Teil auch auf Sierra bist...!!!

Warum soll ich Dich nicht in Versuchung bringen, mach i doch gern, hihi. Natürlich ist Sierra offiziell erst ab 5,1 unterstützt.
Ich habe meinen 3,1 mit der ersten Beta 10.12 noch manuell gepatcht, inzwischen gibt es dosdude-Hilfsprogramme zur Stickerstellung.
Diese gehen offiziell ab dem 3,1er. Wäre ja mal interessant, ob dat mit Deinem 64bit-Patch und dosdude auch noch geht.
Da wärst Du somit vielleicht Vorreiter. Mir ist dahingehend noch nix bekannt.
Jedenfalls rennt mein 3,1er mit SSD und Sierra super, schau einfach mal hier! Anfangs ist der manuelle Weg beschrieben, später dann der dosdude-Kram:

https://www.root86.com/topic/8…example-of-real-macpro31/

PS.: Hab auch Night Shift für MacPro3,1 gepatcht, kann i dann gern auch für den 2,1er machen.