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Wieso neu installieren? Boote den Rechner vom Stick das funktioniert ja wie Du schreibst. Wenn Du dann in Deinem Installierten und hoffentlich gestarteten macOS bist öffnest Du ein Terminal und gibst den folgenden Befehl dort ein
in der Ausgabe des Befehls hälst Du nach Deinem USB Stick Ausschau welcher in der Regel leicht an seinem Namen zu erkennen ist. Hier mal ein Beispiel wie die Ausgabe des Befehls aussehen kann damit Du Dich besser orientieren kannst:
In meinem Beispiel ist der USB Stick als Disk4 eingebunden. Uns interessiert jetzt hier nur die EFI Partition vom USB Stick diese kann man einfach mit dem Befehl
einbinden (bei Dir wird es was anderes sein als Disk4). Hat man das erledigt ist die EFI Partition des USB Sticks über den Finder erreichbar. Auf der EFI Partition befindet sich ein Ordner Names EFI diesen Ordner kopierst Du Dir auf den Schreibtisch und wirfst anschließend den USB Stick wieder aus. Das Prozedere wiederholst Du jetzt allerdings bindest Du diesmal die EFI Partition Deiner Festplatte ein (in meinem Beispiel disk1s1 aber auch das kann bei Dir anders sein). Einmal eingebunden ziehst Du den EFI Ordner vom Schreibtisch auf die EFI Partition der Festplatte und bestätigst die Frage ob der schon vorhandene Ordner überschrieben werden soll mit ja. Nun nur noch Neustarten und der Rechner sollte auch von der Platte aus booten.
Warum sollte der nicht aktiviert werden können ?!?
Also sind es bei Dir disk1s1 für die EFI auf dem USB Stick und disk0s1 für die EFI auf der Platte 
Ersetzen wählen und gut
Als erstes mal unbedingt die Finger von Multibeast lassen das ist, wenn man es nicht richtig anwendet mehr Fluch als Segen. Installiere das System Frisch und boote das installierte System dann über den USB Stick. Anschließend installierst Du Clover zu Fuß sprich mit dem Clover Installationspaket und passt dann die config.plist analog zu den Musterkonfigurationen im Skylake Sammelthread an und fügst die nötigen Extensions ebenfalls manuell hinzu. Das braucht zwar ein paar Minuten mehr Zeit hat aber den Vorteil das Du genau nachverfolgen kannst was in Dein System wandert und was nicht.
