Das Problem ist nicht Clover an sich.
Was aber fatal in die Hose gehen kann:
Wenn man ein ungeeignetes SMBIOS gegenüber den realen Mac in der config.plist von Clover eingetragen hat, in der ESP dann unter EFI/APPLE eine für die gewählte SMBIOS neueste Firmware geladen wird und diese dann tatsächlich in den Mac geflasht wird. Dann ist Sense. Komplett unpassende ACPI etc. Da sollte dann nix mehr laufen. Das wäre allerdings der GAU. Hoffen wir, dass sich der Mac einfach nur durch das unpassende EFI "gestört fühlt".
Clover und Mac kann sehr wohl funktionieren, mitunter durchaus sinnvoll sein (32bit-Barriere, diverses Pimpen). Ist auch nicht neu, die "Basis" von Clover – rEFIt – ist ebenfalls ein alternativer Bootloader für Macs.
refit.sourceforge.net