Der EFI Ordner muss auf die EFI System Partition kopiert werden. Das geht z.B. mit dem Terminal (diskutil list & diskutil mount).
Da ohne VirtualBox Gasterweiterung nur rudimentäre USB Unterstützung gegeben ist kannst du auch einen anderen Weg gehen;
Lade den EFI Ordner mit Windows runter und formatiere einen zweiten USB-Stick Fat32 und kopier den Ordner auf den Stick.
Steck dann beide USB-Sticks an das Laptop und starte vom Clover Stick (F12 im BIOS drücken). In der Clover Bootauswahl startest du dann "install OS X El Captain".