Kann es sein das der BBOD passiert, wenn er deine System SSD auswirft?
Das er deine SSD's beim klonen auswirft ist schon sehr seltsam... die hängen doch direkt am Mainboard => also interne SSDs.
Wieviele Platten / SSDs hat du denn am laufen? Evtl. könnte eine Defekt sein und den Controller stören... Hast du das ganze schon mal mit nur der Boot HDD und der Klone-SSD versucht ohne irgendwelche anderen Platten / SSDs im System?