Du wirst ja sicherlich nicht einfach nur eine SSD bekommen haben, sondern vermutlich auch ein Bios das geflashed sein muss,
sowie ein Profil das geladen werden muss und eben nicht Settings die du selber einstellst.
Woran machst du aus das du das Bios korrekt geflashed hast? Woran das du die Settings korrekt geladen hast?
Dein Bild sieht für mich danach aus das du MSR Lock noch drin hast, DSM2 wird ganz sicher nicht vergessen haben diesen zu disablen im Profil.
Zu deinem Windows Problem : Vermute ich das du diese als Legacy installiert hast oder aber DSM2 hat im Eifer des Gefechts die ScanPolicy nicht verändert.
Du kannst ja deine EFI mounten und hier hochladen.
Die Probleme mit dem flackernden Screen haben nichts mit der EFI zu tun.