Also… woran es auch immer lag:
mich habe jetzt das System kurzerhand neu aufgesetzt und bei der Installation über das Festplattendienstprogramm die MacOS und MacOS Daten Partitionen vom 1. System deaktiviert.
Schau an nach der Installation hatte ich die Ordner und Dateien, könnte mit atl Anweisung ohne Problemen die Festplatten/Partitionen deaktivieren.
Ob es nun an einer fehlerhaften Installation lag, oder nicht alle Daten auf der einen Partition installiert wurden, weil sie auf einer anderen aktiven Festplatte schon da waren, weiß ich nicht, aber ist ja nun auch egal.
Eine andere Sache bei der ich aber vllt nochmal Hilfe gebrauchen könnt:
Beide Systeme haben aktuell die selbe Seriennummer hinterlegt, sodass iCloud spinnt. Kann mir einer kurz und knapp nochmal erzählen, wie ich die Seriennummer nochmal ändere. Ist schon etwas her das ich mich mit dem Thema beschäftigt habe und ehrlich gesagt habe ich gerade auch relativ wenig bock mich wieder komplett einzulesen.
Vielen Dank für die ganze Hilfe! 
