Es scheint für mich, dass die XHC3 Thunderbolt 4 USB ports nicht aktiviert sind.
Zwei Ports werden ja angezeigt, also sollte der Controller aktiv sein. Je nach Thunderbolt-Karte werden aber die USB2-Ports "eingeschliffen", also vom Board von entsprechenden Ports mittels Steckverbindung abgegriffen und an die Karte gesteckt. Wenn das nicht passiert ist, dann gibts diese dann auch nicht. Und selbst wenn, können diese am XHCI wieder abgeschaltet sein.
Wenn ich den USBPorts-NEU.kext durch den USBInjectAll.kext ersetze, werden nicht ALLE ports angezeigt - WIESO?
Muss bei Kernel/Quirks XhciPortLimit aktiviert sein?
Richtig, wenn mehr als 15 Ports am XHCI hängen – was bei dir offensichtlich der Fall ist – werden diese unter macOS nicht angezeigt, weil eben jenes Limit besteht. Temporär kann das mit diesem Quirk aufgebrochen werden. Und um eine neue Darstellung im Programm "Hackintool" zu erzwingen, muss bei USB unten der Besen benutzt (Clear All) und "Aktualisiert" werden. Erst dann wird eine eventuelle neue Konfiguration ausgelesen.
Schauen wir uns deine Kext näher an, also Rechtsklick auf die Kext und "Paketinhalt anzeigen". Die im Ordner "Contents" enthaltene "info.plist" in einem geeigneten Editor öffnen:
Da haben wir die beiden USB3-Ports. Nun noch schnell die fehlenden USB2-Ports hinzugefügt:
Könnte klappen, muss aber nicht. Wenn nicht, siehe oben.