Vielen Dank erst mal dass ihr mir helfen wollt.
Ich habe die EFI mal im ersten Post ergänzt.
Also ich habe eine Lösung gefunden. Es liegt wie vermutet, daran, dass der zweite Controller nicht permanent eingeschaltet war.
Hierzu gibt es im Bios den Punkt "Thunderbolt PCIe Hot-Plug-Modus" den muss man von "Betriebssystemunabhängiger Modus" auf "Nativer + Energiesparmodus" umstellen.
Danach war der zweite Controller sowohl unter Windows als auch macOS direkt nach dem bootrn betriebsbereit und wurde beim Mappen auch direkt angezeigt und nicht wie vorher, erst sobald man ein USB 3 Stick angeschlossen hat.