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Schwer zu sagen aber die SSD würde ich erstmal ausschließen wollen. Starte mal im Verbose Mode (cmd+v) und guck an welcher Stelle es besonders lange hängt möglicherweise gibt das Aufschluss darüber was da im argen liegt.

Vom Gefühl her würde ich auch sagen da ist irgendwas im System vergraben das nicht so recht mit Sierra spielen mag und die Laube daher bremst. Am Besten wird es sein ein Backup vom User und den Progs zu machen (TImeMachine) und anschließend sauber zu installieren und anschließend alles wichtige aus dem Backup zurück zu ziehen (Alles bist auf die Einstellungen)...