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ExFAT ist generell als eher fragil bekannt zumindest im Mischbetrieb mit Windows. Das FS geht früher oder später gerne kaputt was sich dann in solchen Effekten äußert. Ich weiß nicht genau welches OS daran Schuld hat aber eines von beiden scheint beim auswerfen das FS irgendwie zu beschädigen. Wenn möglich würde ich auf USB Medien daher eher FAT nutzen. So lange man keine einzelnen Files hat die größer als 2GB sind macht es ohnehin keinen Unterschied...

Für den Austausch würde ich an Deiner Stelle mal über ein kleines NAS nachdenken ist auf Sicht und gerade bei großen Files sicher die elegantere Lösung Im NAS kannst Du dann auch ein stabiles Filesystem möglichst mit Journal verwenden.